司法書士の永鳥です。

通常、抵当権等の設定の場合、金融機関が日常的に依頼している司法書士に登記を頼むことになります。
現在、登記済証がなくなり、登記識別情報（１２桁の暗証番号のようなものですが）に変わっていることがあって、その管理が難しくなっています。
そのため、金融機関としては、懇意にしている司法書士以外に登記識別情報を預けることをなおさら嫌う傾向にあります。

融資を受ける金融機関を変えてもよいと思うのであれば、再度交渉してもよいかも知れません。